Phylogenetic Tree(계통수) 실습 in R (1) - DNA Alignment, Hierarchical Clustering, Multidimensional Scaling
안녕하세요, Killer T Cell입니다. 이번에는 Phylogenetic Tree를 R로써 어떻게 구현하는지 포스팅하겠습니다. 전체적 개괄은 다음과 같습니다. 우선 Phylogenetic Tree란 생물의 진화로 인해 발생한 유사성, 차이를 기반으로 친연 관계를 분석해 그림으로 나타낸 일종의 다이어그램입니다. 각 node 간의 수직적 거리가 진화적 거리를 의미하며, 이외에도 여러 주요한 특징이 있으나 이곳은 R 카테고리이기에 자세한 내용은 생략하겠습니다. 이 글을 보시는 분들은 이미 충분히 배경에 대해 아시라 생각합니다...^^ 사용한 DATASET입니다. Source: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/ A형 influenza를 일으키는 H3N2 virus의 sequ..
